海洋熱水環境からの新規超好熱菌の分離と有用遺伝子資源の開発

沿岸や深海の熱水環境から多様な新規（超）好熱菌や好熱性一酸化炭素資化菌を分離し、有用遺伝子資源の生物ライブラリーの構築を目指しています。

超好熱古細菌の遺伝子操作系の構築と極限酵素の開発研究

一酸化炭素デヒドロゲナーゼの大量発現系の構築ならびに有用耐熱酵素の効率的発現系システムである超好熱古細菌の遺伝子発現系の構築に取り組んでいます。

ウイルス-微生物の生態学的相互作用とゲノム進化

ウイルスメタゲノム（ビローム）と微生物ゲノムにコードされるウイルス感染履歴を照合して、微生物ゲノムの多様性創生・維持のメカニズムを探ります。

バクテリオファージの生理・生態ならびにゲノム科学的研究と有用遺伝子資源の開発

ラン藻に感染するシアノファージと宿主との生理・生態学的相互作用の解明を目指すとともに、ファージの感染メカニズムを応用したラン藻による光発酵技術の開発に着手しています。